alignment to pre-microRNA

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CTGAGGAGCAGGGCTTAGCTGCTTGTGAGCAGGGTCCACACCAAGTCGTGTTCACAGTGGCTAAGTTCCGCCCCCCAG  2,104(553.3/2,669.6) adj:1,879.7
(((.((.((.(((((((((((((.(((((((.((.(........))).)))))))))))))))))))).)).)).)))
TTCACAGTGGCTAAGTTCCG 1,039(273.2/1,318.3) adj:1,039 + lv3p|lv3pT|lv3p#-1
TTCACAGTGGCTAAGTTCC 242(63.6/307.1) adj:242 + lv3p|lv3pT|lv3p#-2
TTCACAGTGGCTAAGTTC 150(39.4/190.3) adj:75 + lv3p|lv3pT|lv3p#-3
TTCACAGTGGCTAAGTTCCGCT 146(38.4/185.3) adj:146 + nta#T|nta#T#1
TTCACAGTGGCTAAG 116(30.5/147.2) adj:38.7 + lv3p|lv3pT|lv3p#-6$lv3p|lv3pT|lv3p#-4
TTCACAGTGGCTAAGTT 69(18.1/87.5) adj:34.5 + lv3p|lv3pT|lv3p#-4
AGGGCTTAGCTGCTTGTGAGCA 50(13.1/63.4) adj:50 + exact
TTCACAGTGGCTAAGT 44(11.6/55.8) adj:22 + lv3p|lv3pT|lv3p#-5
TTCACCGTGGCTAAGTTCCG 36(9.5/45.7) adj:36 + lv3p|lv3pT|lv3p#-1
TTCACAGTGGCTAAGTTCCGTT 29(7.6/36.8) adj:29 + nta#T|nta#T#2
TTCACAGTGGCTAAGTTCCGC 27(7.1/34.3) adj:27 + exact
TTCACAGTGGCTAAGTTCCGT 26(6.8/33) adj:26 + nta#T|nta#T#1
AGGGCTTAGCTGCTTGTGAGC 13(3.4/16.5) adj:13 + lv3p|lv3pT|lv3p#-1
TTCACAGTGGCTAAGTTCGG 11(2.9/14) adj:5.5 + nta#G|nta#G#2
TTCACAGTGGCTAAGTTCCT 9(2.4/11.4) adj:9 + nta#T|nta#T#1
TTCACAGTGGCTAAGTTCCA 9(2.4/11.4) adj:9 + nta#A|nta#A#1
TTCACAGTGGCTAAGTTCCGA 7(1.8/8.9) adj:7 + nta#A|nta#A#1
TTCACCGTGGCTAAGTTCC 7(1.8/8.9) adj:7 + lv3p|lv3pT|lv3p#-2
TTCACCGTGGCTAAGTTC 7(1.8/8.9) adj:3.5 + lv3p|lv3pT|lv3p#-3
TTCACAGTGGCTAAGTTCCGCG 6(1.6/7.6) adj:6 + nta#G|nta#G#1
TTCACCGTGGCTAAGTT 6(1.6/7.6) adj:3 + lv3p|lv3pT|lv3p#-4
TTCACAGTGGCTAAGTTCCGCA 5(1.3/6.3) adj:5 + nta#A|nta#A#1
TTCACCGTGGCTAAGTTCCGCT 4(1.1/5.1) adj:4 + nta#T|nta#T#1
TTCACAGTGGCTAAGTTCA 4(1.1/5.1) adj:2 + nta#A|nta#A#1
TTCACCGTGGCTAAGTTCCGTT 3(0.8/3.8) adj:3 + nta#T|nta#T#2
TTCGCAGTGGCTAAGTTCCG 3(0.8/3.8) adj:3 + lv3p|lv3pT|lv3p#-1
TTCACCGTGGCTAAGT 3(0.8/3.8) adj:1.5 + lv3p|lv3pT|lv3p#-5
ACAGTGGCTAAGTTCC 3(0.8/3.8) adj:3 + mv
AGGGCTTAGCTGCTTGTGAGA 2(0.5/2.5) adj:2 + nta#A|nta#A#1
TTCACAGTGGCTAAGTTCCGTTT 2(0.5/2.5) adj:2 + nta#T|nta#T#3
TTCACAGTGGCTAAGTTCCGTAA 2(0.5/2.5) adj:2 + nta#A|nta#A#2
TTCACAGTGGCTAAGTTCCGCTA 2(0.5/2.5) adj:2 + nta#A|nta#A#1
TTCACAGTGGCTAAGTTCCGAGA 2(0.5/2.5) adj:2 + nta#A|nta#A#1
TTCACAGTGGCTAAGTTCCGAAT 2(0.5/2.5) adj:2 + nta#T|nta#T#1
TTCACAGTGGCTAAGTTCCGAAC 2(0.5/2.5) adj:2 + mlv3p|mlv3p#2
TTCACAGTGGCTAAGTTCCGCC 2(0.5/2.5) adj:2 + lv3p|lv3pE|lv3p#1
TTCACAGTGGCTAAGTTCCGAC 2(0.5/2.5) adj:2 + lv3p|lv3pE|lv3p#1
TTCACAGTGGCTAAGTTCCGAA 2(0.5/2.5) adj:2 + nta#A|nta#A#2
TTCACAGTGGCTAAGTTCCTT 2(0.5/2.5) adj:2 + nta#T|nta#T#2
TTCACAGTGGCTAGGTTCCG 2(0.5/2.5) adj:2 + lv3p|lv3pT|lv3p#-1
TTCACAGTGGCTAAGTTAC 2(0.5/2.5) adj:2 + lv3p|lv3pT|lv3p#-2
ACAGTGGCTAAGTTCCG 2(0.5/2.5) adj:2 + mv
CAGTGGCTAAGTTCC 2(0.5/2.5) adj:2 + mv