alignment to pre-microRNA

Back
GCCGAGACCGAGTGCACAGGGCTCTGACCTATGAATTGACAGCCAGTGCTCTCGTCTCCCCTCTGGCTGCCAATTCCATAGGTCACAGGTATGTTCGCCTCAATGCCAGC  21,304(5,602.3/27,031.3) adj:21,279
.........(((.(((((.(.((.((((((((((((((.(((((((................))))))).))))).))))))))).)).).)))..))))).........
CTGACCTATGAATTGACAGCC 12,199(3,207.9/15,478.5) adj:12,199 + exact
TGACCTATGAATTGACAGCCAGT 1,426(375/1,809.4) adj:1,426 + mv
TGACCTATGAATTGACAGCC 1,285(337.9/1,630.5) adj:1,285 + lv5p|lv5pT|lv5p#-1
TGACCTATGAATTGACAGCCA 1,091(286.9/1,384.3) adj:1,091 + mv
TGACCTATGAATTGACAGCCAG 997(262.2/1,265) adj:997 + mv
CTGACCTATGAATTGACAGCCA 968(254.6/1,228.2) adj:968 + lv3p|lv3pE|lv3p#1
CTGACCTATGAATTGACAGC 899(236.4/1,140.7) adj:899 + lv3p|lv3pT|lv3p#-1
CTGACCTATGAATTGACAGCCT 472(124.1/598.9) adj:472 + nta#T|nta#T#1
CTGACCTATGAATTGACAGCCAGT 232(61/294.4) adj:232 + lv3p|lv3pE|lv3p#3
CTGACCTATGAATTGACAGCCAT 232(61/294.4) adj:232 + nta#T|nta#T#1
TGACCTATGAATTGACAGCCAT 155(40.8/196.7) adj:155 + nta#T|nta#T#1
CTGACCTATGAATTGACAG 132(34.7/167.5) adj:132 + lv3p|lv3pT|lv3p#-2
TGACCTATGAATTGACAGCCAGA 99(26/125.6) adj:99 + nta#A|nta#A#1
TGACCTATGAATTGACAGC 99(26/125.6) adj:99 + mv
CTGACCTATGAATTGACAGCCAA 83(21.8/105.3) adj:83 + nta#A|nta#A#1
TGACCTATGAATTGACAGCCAGTT 71(18.7/90.1) adj:71 + nta#T|nta#T#1
TGACCTATGAATTGACAGCCAA 58(15.3/73.6) adj:58 + nta#A|nta#A#1
CTGACCTATGAATTGACAGCA 56(14.7/71.1) adj:56 + nta#A|nta#A#1
CTGACCTATGAATTGACA 42(11/53.3) adj:42 + lv3p|lv3pT|lv3p#-3
CTGACCTATGAATTGACAGCCATT 41(10.8/52) adj:41 + nta#T|nta#T#2
CTGACCTATGAATTGACAGCCG 36(9.5/45.7) adj:36 + nta#G|nta#G#1
CTGACCTATGAATTGACAGCT 29(7.6/36.8) adj:29 + nta#T|nta#T#1
CTGACCTATGAATTGACAGCCC 27(7.1/34.3) adj:27 + nta#C|nta#C#1
CTGACATATGAATTGACAGCC 27(7.1/34.3) adj:27 + exactNucVar|5:C>A
TCTGACCTATGAATTGACAGCC 23(6/29.2) adj:23 + lv5p|lv5pE|lv5p#1
TGACCTATGAATTGACAGCCAAA 23(6/29.2) adj:23 + nta#A|nta#A#2
CTGACCTATGAATTGACAGCCAAA 22(5.8/27.9) adj:22 + nta#A|nta#A#2
CTGACCTATGAATTGACAGAC 22(5.8/27.9) adj:11 + exactNucVar|0:A>C
CTGACCTATGAATTGACAGCCAG 20(5.3/25.4) adj:20 + lv3p|lv3pE|lv3p#2
TGACCTATGAATTGACAGCCT 19(5/24.1) adj:19 + nta#T|nta#T#1
CTGACCTATGAATTGACAGCCAAT 18(4.7/22.8) adj:18 + mlv3p|mlv3p#3
CTGACCTATGAATTGAAAGCC 18(4.7/22.8) adj:18 + exactNucVar|16:C>A
TGACCTATGAATTGACAG 17(4.5/21.6) adj:8.5 + mv
CTGACCTATGAATTGACAGCCTT 16(4.2/20.3) adj:16 + nta#T|nta#T#2
TGACCTATGAATTGACAGCCATT 14(3.7/17.8) adj:14 + nta#T|nta#T#2
TGACCTATGAATTGACAGCCAGTA 13(3.4/16.5) adj:13 + nta#A|nta#A#1
TGACCTATGAATTGACAGCCAAT 13(3.4/16.5) adj:13 + mv
TGACCTATGAATTGACAGCCG 11(2.9/14) adj:11 + nta#G|nta#G#1
CCTGACCTATGAATTGACAGCC 9(2.4/11.4) adj:9 + mlv5p|mlv5p#1
CTGACCTATGAATTGAC 9(2.4/11.4) adj:9 + lv3p|lv3pT|lv3p#-4
TGACCTATGAATTGACAGCCAC 8(2.1/10.2) adj:8 + nta#C|nta#C#1
CTGACCTATGAATTGACAGCCATA 7(1.8/8.9) adj:7 + nta#A|nta#A#1
CTGACCTGTGAATTGACAGCC 7(1.8/8.9) adj:7 + exactNucVar|7:A>G
CTGACCCATGAATTGACAGCC 7(1.8/8.9) adj:7 + exactNucVar|6:T>C
CTGACCTATGAATTGAGAGCC 7(1.8/8.9) adj:7 + exactNucVar|16:C>G
TGACCTATGAATTGACAGCCGG 7(1.8/8.9) adj:7 + nta#G|nta#G#2
TGACCTATGAATTGACAGCA 7(1.8/8.9) adj:7 + nta#A|nta#A#1
CTGACCTATGAATTGACAGCCTA 6(1.6/7.6) adj:6 + nta#A|nta#A#1
TGACCTATGAATTGACAGCCATA 6(1.6/7.6) adj:6 + nta#A|nta#A#1
TGACCTATGAATTGACAGCCACC 6(1.6/7.6) adj:6 + nta#C|nta#C#2
CTGACCTATGAATTGACAGCCAGA 5(1.3/6.3) adj:5 + nta#A|nta#A#1
CTGACCTATGAATTTACAGCC 5(1.3/6.3) adj:5 + exactNucVar|14:G>T
CTGACCTATAAATTGACAGCC 5(1.3/6.3) adj:5 + exactNucVar|9:G>A
CTGACCTATGAATTGACCGCC 5(1.3/6.3) adj:5 + exactNucVar|17:A>C
CTGACCTATGAATTGACAGGC 5(1.3/6.3) adj:5 + exactNucVar|19:C>G
CTGACCTATGGATTGACAGCC 5(1.3/6.3) adj:5 + exactNucVar|10:A>G
CTGACTTATGAATTGACAGCC 5(1.3/6.3) adj:5 + exactNucVar|5:C>T
CTGATCTATGAATTGACAGCC 5(1.3/6.3) adj:5 + exactNucVar|4:C>T
TGACCTATGAATTGACAGCCAGAA 5(1.3/6.3) adj:5 + nta#A|nta#A#2
TGACCTATGAATTGACAGCCAGG 5(1.3/6.3) adj:5 + nta#G|nta#G#1
TGACCTATGAATTGACAGCCAAG 5(1.3/6.3) adj:5 + nta#G|nta#G#1
TGACCTATGAATTGAC 5(1.3/6.3) adj:2.5 + mv
CTGACCTATGAATTGACAGCCAAG 4(1.1/5.1) adj:4 + nta#G|nta#G#1
CTGACCTATGAATTGACAGCCGA 4(1.1/5.1) adj:4 + nta#A|nta#A#1
CTGACCTATGAATTGACATCC 4(1.1/5.1) adj:4 + exactNucVar|18:G>T
CTGACCTATGAATTGACACCC 4(1.1/5.1) adj:4 + nta#C|nta#C#3
CTGACCTATGAATTGACAACC 4(1.1/5.1) adj:4 + exactNucVar|18:G>A
CTGACCTATGAATTGATAGCC 4(1.1/5.1) adj:4 + exactNucVar|16:C>T
CTGACCTATGAATTGACAA 4(1.1/5.1) adj:4 + nta#A|nta#A#1
TGACCTATGAATTGACAGCCAGTTT 4(1.1/5.1) adj:4 + nta#T|nta#T#2
TGACCTATGAATTGACAGCCC 4(1.1/5.1) adj:4 + nta#C|nta#C#1
TGACCTATGAATTGACAGCT 4(1.1/5.1) adj:4 + nta#T|nta#T#1
CCTGACCTATGAATTGACAGCCA 3(0.8/3.8) adj:3 + mv
CTGACCTATGAATTGACAGCCAAAT 3(0.8/3.8) adj:3 + nta#T|nta#T#1
CTGACCTATGAATTGACAGCCTAT 3(0.8/3.8) adj:3 + mlv3p|mlv3p#3
CTGACCTATGAATTGACAACCA 3(0.8/3.8) adj:3 + lv3p|lv3pE|lv3p#1
CTGACCTATGAATTGAAAGCCA 3(0.8/3.8) adj:3 + lv3p|lv3pE|lv3p#1
CTGACCTATGAATTGGCAGCC 3(0.8/3.8) adj:3 + exactNucVar|15:A>G
CCGACCTATGAATTGACAGCC 3(0.8/3.8) adj:3 + exactNucVar|1:T>C
TTGACCTATGAATTGACAGCC 3(0.8/3.8) adj:3 + exactNucVar|0:C>T
CTGACCTATGAATTAACAGCC 3(0.8/3.8) adj:3 + exactNucVar|14:G>A
CTGAACTATGAATTGACAGCC 3(0.8/3.8) adj:3 + exactNucVar|4:C>A
CTGACCTATGAATTGACAGTC 3(0.8/3.8) adj:3 + exactNucVar|19:C>T
CTGGCCTATGAATTGACAGCC 3(0.8/3.8) adj:3 + exactNucVar|3:A>G
CTCACCTATGAATTGACAGCC 3(0.8/3.8) adj:3 + exactNucVar|2:G>C
CTGACCTATGAGTTGACAGCC 3(0.8/3.8) adj:3 + exactNucVar|11:A>G
CTGACCTATGAATCGACAGCC 3(0.8/3.8) adj:3 + exactNucVar|13:T>C
TGACCTATGAATTGACAGCCAGTTA 3(0.8/3.8) adj:3 + nta#A|nta#A#1
TGACCTATGAATTGACAGCCAAAT 3(0.8/3.8) adj:3 + nta#T|nta#T#1
TGGCCTATGAATTGACAGCCAG 3(0.8/3.8) adj:3 + mv
TGACCTATGAATTGAAAGCC 3(0.8/3.8) adj:3 + lv5p|lv5pT|lv5p#-1
CCTGACCTATGAATTGACAGCCAT 2(0.5/2.5) adj:2 + nta#T|nta#T#1
TCTGACCTATGAATTGACAGC 2(0.5/2.5) adj:2 + mv
CTGACCTATGAATTGACAGCCATAA 2(0.5/2.5) adj:2 + nta#A|nta#A#2
CTGACCTATGAATTGACAGCCAGTT 2(0.5/2.5) adj:2 + nta#T|nta#T#1
CTGACCTATGAATTGACAGCCAGCT 2(0.5/2.5) adj:2 + nta#T|nta#T#1
CTGACCTATGAATTGACAGCCAAAG 2(0.5/2.5) adj:2 + mlv3p|mlv3p#4
CTGACCTATGAATTGACAGCCAAAA 2(0.5/2.5) adj:2 + nta#A|nta#A#3
CTGACCTATGAATTGACAGCCTTAA 2(0.5/2.5) adj:2 + nta#A|nta#A#2
CTGACCTATGAATTGACAGCCTAAA 2(0.5/2.5) adj:2 + nta#A|nta#A#3
CTGACCTATGAATTGACAGCCTTA 2(0.5/2.5) adj:2 + nta#A|nta#A#1
CTGACCTATGAATTGACAGCCGT 2(0.5/2.5) adj:2 + nta#T|nta#T#1
CTGACCTATGAATTGACAGCCAC 2(0.5/2.5) adj:2 + nta#C|nta#C#1
CTGACATATGAATTGACAGCCA 2(0.5/2.5) adj:2 + lv3p|lv3pE|lv3p#1
CTGACCTATGAATTGACAGACA 2(0.5/2.5) adj:1 + lv3p|lv3pE|lv3p#1
CTGACCTATGAATTGAAAGCCT 2(0.5/2.5) adj:2 + nta#T|nta#T#1
CTAACCTATGAATTGACAGCC 2(0.5/2.5) adj:2 + exactNucVar|2:G>A
CTGACCTCTGAATTGACAGCC 2(0.5/2.5) adj:2 + exactNucVar|7:A>C
CTGACCTACGAATTGACAGCC 2(0.5/2.5) adj:2 + exactNucVar|8:T>C
CTGACGTATGAATTGACAGCC 2(0.5/2.5) adj:2 + exactNucVar|5:C>G
CTGACCTATGAATTGACAGA 2(0.5/2.5) adj:1 + lv3p|lv3pT|lv3p#-1$nta#A|nta#A#1
CTGACATATGAATTGACAGC 2(0.5/2.5) adj:2 + lv3p|lv3pT|lv3p#-1
TGACCTATGAATTGACAGCAAGT 2(0.5/2.5) adj:2 + mv
TGACCTATGAATTGACGGCCAGT 2(0.5/2.5) adj:2 + mv
TGACCTATGAATTGACAGCAAG 2(0.5/2.5) adj:2 + mv
TGACCTATGAATTGACAACCAG 2(0.5/2.5) adj:2 + mv
TGACCTATGGATTGACAGCC 2(0.5/2.5) adj:2 + lv5p|lv5pT|lv5p#-1
TGACCTATGAATTGACA 2(0.5/2.5) adj:1 + mv
CTGCCAATTCCATAGGTCACA 2(0.5/2.5) adj:2 + lv3p|lv3pT|lv3p#-1