alignment to pre-microRNA

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GCATCCGGGTTGAGGTAGTAGGTTGTATGGTTTAGAGTTACACCCTGGGAGTTAACTGTACAACCTTCTAGCTTTCCTTGGAGC  197(51.8/250) adj:109.2
((.((((((..(((.(((.(((((((((((((..((.(..((...))..).))))))))))))))).))).)))..))))))))
TGAGGTAGTAGGTTGTA 70(18.4/88.8) adj:17.5 + lv3p|lv3pT|lv3p#-5
TGAGGTAGTAGGTTGTATGGTT 60(15.8/76.1) adj:60 + exact
TGAGGTAGTAGGTTGT 13(3.4/16.5) adj:2.6 + lv3p|lv3pT|lv3p#-6
TGAGGTAGTAGGTTGTAT 12(3.2/15.2) adj:3 + lv3p|lv3pT|lv3p#-4
TGAGGTAGTAGGTTG 11(2.9/14) adj:2.2 + lv3p|lv3pT|lv3p#-7
TGAGGTAGTAGGTTGTATGGT 10(2.6/12.7) adj:10 + lv3p|lv3pT|lv3p#-1
TGAGGTAGTAGGTTGTATGGTTT 5(1.3/6.3) adj:5 + lv3p|lv3pE|lv3p#1
TGAGGTAGTAGATTGTATGGTT 4(1.1/5.1) adj:1.3 + exactNucVar|11:G>A
TGAGGTAGTAGGTTGTATGGTTG 4(1.1/5.1) adj:4 + nta#G|nta#G#1
TGAGGTAGTAGGTTGTATTGTT 2(0.5/2.5) adj:0.4 + exactNucVar|18:A>T
TGAGGTAGTAGATTGTATGGTTA 2(0.5/2.5) adj:0.7 + nta#A|nta#A#1
TGAGGTAGTAGGTTGTATGGTG 2(0.5/2.5) adj:2 + nta#G|nta#G#1
AGGTAGTAGGTTGTAT 2(0.5/2.5) adj:0.5 + mv